Honda HR-V bir çarpışma durumunda önemli derecede koruma sağlar. SRS sürücü ve ön yolcu hava yastıkları, gergili ön emniyet kemerleri ve yük sınırlayıcılar ile her iki arka koltukta bulunan emniyet kemerleri emniyet açısından hayati bir öneme sahiptir. Bununla birlikte, HR-V'nin pasif emniyet performansında gövde mukavemeti ve bütünlüğü çok önemli bir unsurdur ve küçük araçların bile uluslararası emniyet standartlarını yerine getirmesini sağlayan Honda'nın Yeni Güvenli Gövde teknolojisinden yararlanır. Darbe sırasında ön ve arka yan çerçevelerin kontrollü ve kademeli bir biçimde ezilmesini sağlayan kademeli deformasyon teknolojisinin kullanılması, yolcular üzerine uygulanan yerçekimi kuvvetlerinin daha etkin bir biçimde yönetilmesini sağlar.

HR-V, sürücü ve yolcuları, gelebilecek olan darbelere karşı, Avrupa'da geçerli olan çarpma kriterlerini karşılayarak; rijit yapısı, entegre edilmiş katlanma bölgeleri ve koruyucu sistemi ile karşılamaktadır. Bahsedilen kriterler şunları içerir : Önden %40 kaydırılmış, deforme olabilir bir bariyere 64 km/saat'te sürat ile çarpma, 56 km/saat'de önden düz çarpma, 50 km/saat'de arkadan çarpma, çarpma anında yakıt tankı emniyeti ve 50 km/saat'de sürat ile yandan çarpma. Ayrıca bu kriterler, kaza anında baş bölgesine gelebilecek darbelerin gücünü de kapsar.

Öte yandan ve kolayca tamir edilebileceğinin bir göstergesi olarak, HR-V 15 km/s hızdaki hafif çarpışmalarda önde ve arkada yüzde 40'lık karşı darbe ile sigorta amaçlı sınıflandırma açısından Almanya'da GDV ve İngiltere'de ABI tarafından öngörülen gerekli kriterleri de karşılamaktadır.

Honda'nın yolcu emniyetine ve korunmasına verdiği önem ve gösterdiği dikkat en küçük detayları bile kapsamaktadır. Örneğin baş yaralanması riskini en aza indirgemek için tasarlanmış bir dizi özellik söz konusudur. Bunların en önemlisi, yan tavan rayı ile orta boy bir yolcunun arasında bırakılan mesafedir (yukarıda Donanım bölümüne bakınız). Ayrıca tavan raylarında, A ve B sütunları, tavan astarı ve sütun döşemelerinin arkasında darbe emici bir yapı sergiler. Bunlar, özel olarak şekil verilmiş plastik parçalar olup deformasyonu kontrol etmek ve ilave baş koruması sağlamak için gizli donanımlar ihtiva eder. Bu arada kavrama rayları da benzer bir rol oynar.